صحيح أن لليمون الحامض مزايا كثيرة لا يمكن تجاهلها، كغناه بالفيتامين C ودوره في تقوية مناعة الجسم وأهميته في المساعدة على تخلص الجسم من السموم، وغيرها من الفوائد المعروفة. في المقابل، لليمون الحامض أيضاً آثار جانبية يمكن أن تنتج عن تناوله بطريقة عشوائية، فيما تكثر النصائح التي تدعو إلى تناوله لسبب أو لآخر والتي قد لا تكون مدروسة أحياناً وتوصف بطريقة عشوائية.

- مشاكل في المعدة: صحيح أن الليمون الحامض يساعد على تسهيل الهضم ويعتبر مهماً للجهاز الهضمي أحياناً، لكن ثمة طريقة صحيحة يمكن تناوله فيها. إذ أن الحموضة الزائدة يمكن أن تسبب مشاكل في المعدة. قد يكون الليمون الحامض مفيداً للهضم والمساعدة على التخلص من السموم، لكن شرط أن يكون الجسم قادراً على تحمل هذا المعدل من الحموضة.

- يزيد الاحساس بالبرد: يسبب تناول الليمون الحامض إحساساً بالبرد ما قد لا يكون مناسباً لأيام البرد . ويختلف معدل البرودة في الجسم لدى تناول الليمون الحامض بحسب الكبد لدى كل شخص ومدى نشاطه، فيسبب في كثير من الأحيان ارتعاشاً من البرد. في هذه الحالة من الأفضل عدم تناوله في الصباح بل في آخر اليوم.

- يسبب أضراراً في الاسنان: يسبب الليمون الحامض تحسس الأسنان، حتى أن إحدى الدراسات الأميركية أكدت أن الإكثار من تناول المشروبات الأسيدية، خصوصاً تلك التي تحتوي على الليمون الحامض، يسبب اهتراء الاسنان. كما أنه قد يسبب نزف اللثة.